یحیی گل محمدی بعد از قطع همکاری با صبای قم راهی پرسپولیس می شود تا سرمربی پرتغالی این تیم را کمک کند. او به عنوان بازیکن در دو مقطع برای این تیم بازی کرده است و این سومین حضور او در پرسپولیس است. سرانجام یحیی در فاصله سال های ۷۴-۷۸ و ۸۱-۸۴ در پرسپولیس بازی کرده است و این بار به عنوان مربی به این تیم باز می گردد.یحیی اولین بار در سال ۱۳۷۴ از پورا به پرسپولیس آمد، اما در دوران مربیگری گده فقط دو بار در ترکیب پرسپولیس قرار گرفت. او در دوره مربیگری استانکو به بازیکن ثابت پرسپولیس تبدیل شد و دو قهرمانی لیگ را تجربه کرد. یحیی در سال ۱۳۷۷ دچار بیماری تب مالت و از فوتبال دور شد. اواخر همان سال به پرسپولیس بازگشت، اما با حضور هاشمی نسب، انصاریان و رهبری فرد کار سختی برای حضور در ترکیب این تیم داشت.

یحیی گل محمدی سال ۷۸ راهی فولاد خوزستان شد و زیر نظر بگوویچ احیا شد و به تیم ملی رسید. بهترین بازی های او در تیم ملی در همین دوره بود. او در مقدماتی جام جهانی ۲۰۰۲ یکی از بهترین بازیکنان تیم بلاژویچ بود و گل او به ایرلند هنوز در خاطر دوستداران فوتبال هست. گل محمدی در سال ۸۱ دوباره به پرسپولیس بازگشت. او در این دوره ۳ فصل را برای پرسپولیس بازی کرد و همیشه یکی از بازیکنان دعوت شده به تیم ملی بود. در بازی های آسیایی ۲۰۰۲ پوسان، یحیی یکی از ۳ بازیکن بزرگسال تیم ملی بود و در غیاب دایی کاپیتان این تیم بود که مدال طلا را بدست آورد.

بعد از جام ملت های ۲۰۰۴ که ایران به مقام سوم رسید، یحیی نیز از پرسپولیس جدا شد و به صباباتری رفت تا در کنار علی دایی با این تیم قهرمان جام حذفی شود. او بعد از ۳ فصل بازی در صبا از دنیای فوتبال خداحافظی کرد. یحیی گل محمدی در آخرین سال حضورش در صبا بعد از برکناری ضیایی، سرمربی موقت این تیم شد. سال ۸۸ او راهی یزد شد و مربیگری تیم تربیت یزد در دسته اول را بر عهده گرفت. یک سال بعد به قائم شهر رفت و روی نیمکت نساجی نشست. او فصل گذشته نیز دستیار علی دایی در تیم راه آهن بود.